No meio da batalha feroz de Killy e Seu contra Evy e Maeve, Mensab começa uma transferência das Indústrias Toua para longe dali. Porém, a inteligência artificial central prevê que o novo espaço não comportará toda a extensão das Indústrias Toua e sugere a evacuação de todos do local, pois a estrutura irá colapsar no momento da chegada. Cibo toma as rédeas para a evacuação, mas será que dará tempo de todos saírem vivos? O que o destino reserva para Killy ao final da batalha?! O arco das Indústrias Toua chega ao seu fim!

Assim como nas aventuras de Nagate Tanikaze em sua batalha contra os Gaunas, o gênero escolhido por Tsutomu Nihei para Blame! também foi a ficção científica. Usando como referência clássicos do cinema como Matrix e Alien – O Oitavo Passageiro, Nihei-sensei criou um ambiente claustrofóbico para contar a história de Killy, um aventureiro solitário que tem uma missão fundamental para o futuro a raça humana.
Com uma narrativa ágil em ritmo cinematográfico, a trama se passa dentro da Megaestrutura, uma construção vertical repleta de inúmeros andares, escadarias, paredes de aço e até cavernas. É nela que Killy passa seus dias enfrentando criaturas sanguinárias, mutantes e ciborgues assassinos para encontrar uma maneira de acessar a NetSphere e assim tentar localizar a informação necessária para a sobrevivência da humanidade.